Это выражение имеет несколько значений.
- Первое — сильно, зло и беспощадно ругать.
- Второе — одержать над кем-то полную победу (в игре или драке).
- Третье — сделать что-то мастерски. Это третье значение поможет объяснить смысл оборота: ведь он пришёл из речи мастеровых — столяров-краснодеревщиков.
Умело используя краски, они имитировали фактуру древесины ореха, дуба или красного дерева.
Мебель из простой древесины они могли обработать так, что она казалась сделанной из дорогой древесины орешника — разделана под орех.

Видно, что во всех приведённых значениях есть общая часть — интенсивно. сильно, в высшей степени. Так родилось выражение «разделать под орех», что первоначально означало «сделать в лучшем виде».
Может быть, так проявляется восхищение перед высококлассным мастерством столяров?
Постепенно выражение приобрело негативный смысл и теперь чаще используется наравне с выражениями «разгромить в пух и прах», «камня на камне не оставить» в значении «сильно ругать, беспощадно критиковать за

Докладчика настропалили — пусть чиновников разделает под орех.
Филипп Иванович Наседкин. «Большая семья»
