О том, кто полностью контролирует что-либо.

Выражение является переводом французского оборота Tenir tous les fils. Из лексики артистов-кукольников, которые держат кукол за ниточки.

Все ниточки в руках у кого? Просторечное выражение, обычно употребляется в обиходно-бытовой речи.

Так говорят, если кто-либо располагает всеми возможностями руководить, управлять кем-либо или чем-либо.

— А барину-то что? У него все ниточки в руках, он и не беспокоится… Ну, а заводские да руднишные, те вовсе приуныли.

Павел Петрович Бажов. «Уральские сказы»