Мешать, надоедать своим присутствием; излишне контролировать ход работы другого.
Этот русский фразеологизм возник из поговорки «Не стой надо мной, как чёрт над душой».
В старину суеверные люди считали, что за их душой постоянно охотятся злые силы и пытаются хитростью склонить на свою сторону.
Чтобы сбить человека с истинного пути, за спиной, часто — за левым плечом или даже на плече, находится чёрт, который постоянно нашёптывает в ухо «вредные советы», чтобы человек делал не то, что будет ему во благо, а то, что будет ему только во вред.
Это поверье и легло в народную пословицу, которая с ходом времени сократилась до «не стой над душой».
Есть и немного другой смысл этого выражения — неотступно, надоедливо просить, требовать чего-либо от кого-нибудь.
Такой человек может просто стоять поблизости и смущать своим присутствием, давать бессмысленные советы, пытаться помочь, когда это не нужно, и так далее.
Тётка приносит мешочек лесных орехов и стоит на кухне — что называется «над душой», пока не выканючит у девочки и кофий, и чай, и сахар, и ещё 5-6 рублей, которые та со слезами выпросит у хозяев, в счёт жалованья, получаемого в размере 3-х или 4-х рублей в месяц.
Николай Семёнович Лесков. «Пагубники»