Беспощадно уничтожить что-нибудь (общественно-государственные язвы, непорядки), чтобы следа не осталось.

Калёным железом выжечь что — всецело, полностью, без остатка искоренять, немилосердно уничтожать что-либо. Пресечь, остановить какое-либо действие или намерение.

Это выражение произошло от жестокого обычая клеймения преступников, когда им на телах или лицах выжигали знаки раскалённым железом.

Система осознанно уничтожала и растлевала церковь, подкупая желающих служить советской власти и калёным железом выжигая праведников.

Владимир Соловьёв. «Русская тройка»