Обычно говорят, когда всё выходит не так, как задумывалось.

Выражение пришло из народа после моды на кукольные спектакли с персонажем Петрушка — наивный, глуповатый простофиля. Этот образ закрепился в фольклоре и различных комедийных миниатюрах, анекдотах.

А ещё, петрушка — это зелень, добавляемая нами в салаты, супы и другие блюда. Звучание этого слова ассоциируется с чем-то смешным, забавным.

Однажды на рынке продали старушке
Рассаду гороха, моркови, петрушки,
Рассаду редиски и кабачков...
Но видела плохо она без очков.

И думала бабушка, грядку копая:
"Ну надо ж, петрушка большая какая!"

Посажена вскоре на грядках рассада:
Морковка с горохом растут — то, что надо!
Вот только петрушка слегка руки жжёт.
— Наверное, новый особенный сорт!

Однажды приехали внуки к старушке,
Взглянули на грядку высокой петрушки.
— Да это ж крапива! — сказали внучки́. —
Купить тебе, бабушка, нужно очки!

И грядку скосила старушка, вздыхая:
— Ну надо же вышла петрушка какая!

Андрей Алексеевич Усачёв. «Вот какая петрушка!»