Особо охраняемое, недоступное помещение.
Этим выражением обозначают самое заветное и неприкосновенное, чаще всего какое-то укрытое от взоров досужих посетителей, укромное место.
Так можно сказать, например, про кабинет писателя или учёного, где он творит. И, конечно же, так называют центральную часть храма — алтарь, в котором совершается служба.
Собственно при переводе на славянский язык греческих богослужебных книг и возникло выражение.
«Святая святых» называлась скиния — переносное святилище у древних евреев, а потом и место в Иерусалимском храме, где были помещены скрижали Завета, переданные Богом первосвященнику Моисею на горе Синай.
Тут, совсем рядом, за стеклом, зона, где возникают молнии, где-то поблизости ― центр грозы ― святая святых и тайное тайных.
Даниил Александрович Гранин. «Иду на грозу»