Очень беден, до крайней степени; совсем ничего не имеет.

Фразеологизм «Беден как церковная крыса» имеет значение — очень беден, обычно с намёком на голодание.

Происхождение выражения не выяснено, но вероятно оно связано с тем, что в церквях не принято хранить продукты питания и, соответственно, мышам, живущим в церквях нечего есть.

Отсюда и выражение, которое основывается на выводах, что в церквях нет кладовых и мыши не могут найти себе пропитание, ведь в церкви никто не живёт — ничего нет съестного.

— Ну, скажем, на обнищавшей княгине жениться. Пусть она бедна как церковная крыса, а всё же титулованная и родня у неё знатная.

Виссарион Михайлович Саянов. «Лена»