В полном беспорядке (о нарушении обычного порядка).

Выражение используют и в тех случаях, когда кругом хаос или когда люди полностью всё преобразовывают, изменяют коренным образом, делая совершенно другим. В итоге всё не так как должно быть, неправильно и, к тому же, в ужасном беспорядке.

Возможно во фразеологизме отразились впечатления от генеральной уборки, вроде той, что бывала в русских домах на «Чистый четверг».

В этот день вся посуда выносилась на улицу, сковороды калились на огне, чугуны драились дресвой, горшки и крынки намывались и вешались кверху дном на плетне. Деревянные мисы и корытца выскабливались, ополаскивались и тоже ставились вверх дном, чтобы стекла вода.

Неразбериха была ужаснейшая и, случалось, в этот день готовить было не в чем, поскольку вся посуда сохла вверх дном.

Когда умерла первая его жена (мать студента Покровского), то он вздумал жениться во второй раз и женился на мещанке. При новой жене в доме всё пошло вверх дном; никому житья от неё не стало; она всех к рукам прибрала.

Фёдор Михайлович Достоевский. «Бедные люди»